IC厭氧塔運行時，應保證沼氣及時有效地排出。厭氧消化必然伴隨著沼氣，沼氣可以攪拌污泥，促進污水和污泥的混合接觸，這是它的優點。同時沼氣的存在也會有缺點。當沼氣向上溢出時，會將部分污泥帶到液面，導致浮渣的產生，出水懸浮物含量增加，水質惡化。因此，需要設置氣體擋板和集氣罩，將沼氣從厭氧消化裝置中導出，并在出口堰附近留有足夠的沉淀面積，以保證出水水質。

一般工業廢水溫度很難達到35，需要加熱。因此，為了節省加熱所需的能量，一方面要注意保溫，盡可能防止IC厭氧塔反應器內的熱量損失；另一方面，應充分發揮反應器內污泥濃度大的特點，盡可能提高反應器內污泥濃度，以減少溫度對厭氧反應的影響。當處理后的污水中懸浮物濃度較大（一般大于1000毫克/升）時，應對污水進行適當的沉淀、過濾或浮選等預處理，以降低進水中懸浮物的含量，防止填料層堵塞。

當處理后的污水濃度較高（CODCr值大于5000mg/L）時，需要采用回流的運行方式，回流比根據具體情況確定。有效回流不僅可以降低進水濃度，還可以增加IC厭氧塔進水量，從而保證處理設施內水流分布均勻，避免短流現象。

在IC厭氧塔中，經常使用控制劑?？刂苿┦怯糜谘舆t或減緩化學反應速率的物質，其效果與負催化劑相同。它不能停止聚合，慢下來就好?？刂苹驕p輕化學反應的物質。以下小系列介紹幾種常見的IC厭氧塔控制劑。

1.氨氮。高濃度高pH下，有直接控制。一般來說，500ppm以下沒問題，500-1000ppm是顆粒污泥，運行幾個月看起來沒問題，但是不能保證污泥長時間不需要更換，1000ppm以上考慮棄用。氨氮還有一個問題，就是當P和Mg同時存在時，容易發生鳥糞石結垢。此時，IC相對于UASB有優勢，基本上只是在出水管中緩慢結垢，而不是在整個厭氧反應器中。

2、VFA。高濃度低pH下，有直接控制。當然，VFA的積累也會導致pH下降，很容易導致惡性循環。因此，IC厭氧塔系統有必要檢測出水的VFA。一旦VFA不正常，沒有采取有效的措施來控制它，它很可能會酸到底。然而，過分強調VFA的可控性是極端的。VFA的乙酸是直接生產甲烷的底物。